中国历史上各个朝代一般都只有一个首都，其他的最多叫陪都，有的朝代中间迁了都，原来的首都一般也是陪都的地位。有些皇帝长期住在首都以外，或者不叫正式迁都，那么就把皇帝住的地方叫作“行在所”，意思就是临时首都。

但只有明朝是两都并建的，明朝一级政区就相当于我们现在的省级单位，称为两京十三布政使司，就是北京、南京两个京，加上十三个省级单位“布政使司”。怎么会形成两京的格局呢？

前面一节已经说过，朱元璋生前也知道，对一个大一统政权来说，首都设在南京并不合适，但他一直没有找到或者建成理想的新首都，所以只能留在南京。既然迁不了，他就尽量扩大首都直辖区——京师直隶的范围。元朝的时候，长江以北是归河南江北行省管的，而长江以南是归江浙行省管的。朱元璋就要以南京为中心，把相当于今天江苏、安徽两省和上海市的辖境合在一起，称之为京师直隶。一度还把浙江的嘉兴府一带也划入京师，后来大概看到这样一来浙江太小了，才又退回给浙江。他自己的故乡濠州，先设为临濠府，因建了中都又改为中立府，后来又改为安徽凤阳府。为了使故乡享受首都的地位，普沾皇帝的恩泽，自然也将其划进了南直隶的范围。

朱元璋死后，帝位传给已故太子朱标的儿子——皇太孙朱允炆，就是建文帝。朱元璋的第四个儿子燕王朱棣驻守在北平，就是原来元朝的首都大都。到第二年，建文元年（公元1399年），朱棣就以“靖难”的名义起兵叛乱，建文四年（公元1402年）兵临京师，建文帝自焚而死，朱棣入城即位，后称明成祖。

第二年，永乐元年（公元1403年）正月，朱棣就定北平为北京，二月又改北平为顺天府，并设立北京留守行后军都督府、行部、国子监，开始按照首都的规格配备了。永乐四年（公元1406年），下诏明年营建北京宫殿。永乐七年（公元1409年）正月，朱棣赴北京，留太子在京师监国。但此后朱棣仍往返于北京与京师之间，直到永乐十五年（公元1417年）三月才最后一次离开京师去北京，永乐十八年（公元1420年）九月才将一直在京师监国的太子召至北京，下诏自明年起改京师为南京，改北京为京师，以迁都北京诏告天下。

本来，朱棣曾长期驻守北平，又是从那里起兵的，将首都迁到自己的根据地，是顺理成章的事。而且，当时明朝的主要威胁还是在北方的元朝残余势力，将首都设在那里，对继续打击元朝残余势力，防范蒙古南侵，能起到震慑作用。以后的事实证明，这是正确的战略性选择。但是为什么迁都的过程拖得那么长？如果前面这几年还可以用北平需要营建宫殿及首都各项设施作为解释的话，朱棣以后的事就不便用常理解释了。

永乐二十二年（公元1424年）秋，朱棣在北征班师途中病死，太子继位，是为仁宗。到第二年洪熙元年（公元1425年）三月宣布迁都南京，北京的各部门都改称“行在”（临时首都），让太子去南京谒太祖陵后就留守南京。但当年五月仁宗就去世了，继位的宣宗在位十年，始终留在北京，只是没有撤销迁都南京的决定。英宗继位后也没有任何迁都的动作，直到正统六年（公元1441年）十一月才正式宣布定都北京，各部门不再称“行在”。从此，北京称京师顺天府（北直隶），南京称应天府（南直隶）。此时距朱棣改北平为北京已有38年，距他正式宣布迁都北京已有二十年。

而且，在这以后直到明朝灭亡，一直是“两京”并建，南京始终与北京一样享受首都的待遇，在形式上几乎具有首都的全部功能。太祖高皇帝朱元璋建成和居住的宫殿都保留，只是没有了皇帝、皇室和近侍。皇家的祭祀场所社稷坛、太庙也保留，还按时举行祭祀仪式。国家的重大典礼、诏书的颁布、政令的公布等大多在两京同步举行，或者在北京举行后再到南京补办。皇帝的专用刑罚“廷杖”也可在南京执行，接到命令后，南京的锦衣卫会将被罚的官员押到南京午门前，在太监监刑下按规定数目打屁股。

南京六部九卿各衙门一应齐全，各级官员基本不缺，原来使用的印信虽然都已调到北京使用，但当时就为南京另铸了一套，在前面都加上了“南京”两字。不同的是，北京的衙门和官员是实际办事管事的，有职有权，而南京的衙门和官员只是象征性的、礼仪性的、供养性的、安置性的。如北京有兵部，长官是兵部尚书，是真正的国防部长，要处理军事国防的事务。南京也有兵部，长官也是兵部尚书，当然，前面要加上“南京”两个字，但只是个享受“正部级”待遇的官员，平时无公可办，偶然签个文件，逢时逢节或有重大活动时站在、坐在或跪在规定的位置上，按程序做动作就可以了。

有些官员名气响、政绩优、功劳大，但皇帝和同僚都讨厌，却不便撤职罢官，又不到退休年龄，南京就是他们最合适的去处。海瑞生前的最后两年就被任命为南京右都御史，相当于监察部长，正二品，年俸七百二十石，第三位高薪，但没有什么事可办，倒使皇帝身边和北京城里清静了不少。

为什么明朝迁都北京要花那么长时间，费那么多周折，最后还得两京并建，花很大的人力物力维持这么一个庞大的空架子呢？表面上的理由只是为了不改变太祖高皇帝朱元璋的旧制。仅仅为了这一点，有必要吗？值得吗？

理解历史不能只看史料，只理解史料的文字，还要看这些文字背后的真实内容，看明朝的“两京并建”现象也应如此。

朱棣虽是朱元璋的儿子，但不是太子，不是他的合法继承人。朱元璋死后将帝位直接传给了太孙朱允炆（建文帝），朱允炆合法地当了四年皇帝。朱棣是通过武装叛乱夺取政权的，仗打了三年多，逼死了建文帝，不是宫廷政变或阴谋篡位，无法隐瞒，全国臣民都知道。他当皇帝后最大的难题，是如何取得政治合法性。

所以朱棣在攻占南京以后，曾经要建文帝的大臣方孝孺跟他合作，起草一道诏书，昭告天下，来证明他继位的合法性，结果被方孝孺拒绝。他曾下令在全国收缴污蔑帝王的非法出版物，目的自然是为了销毁民间流传的对他不利的记录。他三次修改太祖皇帝的《实录》，造成朱元璋生前对他有高度评价，曾动过传位于他的念头的假象。但《实录》秘藏于皇家档案馆，是给后世人查看的，当时无法公开，起不了现实作用。

正因为这样，他在涉及太祖高皇帝的事上特别小心谨慎，处处要显示自己是合法继承人，绝不丝毫改变高皇帝的成规。迁都是国家现实的需要，但既然高皇帝定都在南京，就要世世代代“继承遗命”，绝不改变。何况高皇帝的陵墓——孝陵在南京，南京如果不保持首都的地位，就是对高皇帝的不敬。

明成祖朱棣表面上是异常强悍的，但他自然明白自己究竟做过什么，内心是虚弱的。所以，只要多少能够掩盖暴力夺权的真相，有利于加强他的政治合法性，他就会不计工本、不惜代价去做。迁都北京的过程和两京并建的制度，只有从这个角度去看，才能真正理解。就是郑和七次下西洋，耗费空前巨大的人力物力的壮举究竟是为了什么，真实的原因也得从这方面去找。

至于朱棣的儿子明仁宗朱高炽为什么一当皇帝就要将首都迁回南京，因为他当皇帝的时间实在太短，只有十个月，留下的史料也太少，实在无法判断。喜欢假设的朋友曾经问我：“要是他多当几年皇帝，是不是明朝的首都就会迁回南京了？但以后其他皇帝是不是又会迁回北京呢？”历史是无法假设的，假设的结果就不是历史，我回答不了。

顺便说一下，现在有些人热衷于研究破解“建文帝下落”这个“千古之谜”，其实从建文帝一死，民间同情他的人就开始制造和传播各种版本的故事，可惜没有一个能得到史料或实物的证明。历史上留下的“千古之谜”很多，大多因为不可能再找到证据，所以是无解的，真想研究历史的朋友千万不要去钻牛角尖，做无用功。如果只是想写小说，编故事，自然可以放心写，大胆编，但无关历史，不必让我们这些研究历史的人表态。